A sorozat sokkal inkább újraírása, semmint folytatása a G1 univerzumnak. A Bárkának nyoma sincs, az autobotok - Optimus, Bulkhead (Válaszfal), Cliffjumper (Sziklaugró), Arcee (Arszi), Rachet (Racsni), Bumblebee (Űrdongó) egy leárnyékolt bázison élnek (Cliffjumper valójában meghal az első epizódban), az amerikai kormányerőkkel laza együttműködésben, emberi koordinátoruk Fowler különleges ügynök. Az autobotok közül csak Bulkhead barátja, a temperamentumos Wheeljack (Kerék) lóg ki a sorból, aki később érkezett a Földre, képtelen helyhez kötötten élni, és nem akarja Optimus rejtőzködő taktikáját követni. Bumblebee-nek meghagyták azt a tulajdonságát (a mozifilmekben is így szerepel), miszerint nem képes tagolt beszédre, mert megsérült a hangprocesszora egy csatában (az itteni történet szerint maga Megatron némította meg egy vallatás közben).

Az álcák, akik jóval többen vannak, egy működőképes, szintén álcázott űrhajón lebegnek az atmoszférában. Az autobotok a háttérből figyelik az eseményeket, és ha szükséges, egy föld-híd (ground-bridge) nevű technológiával (dimenziókapu, amely rövid életű féregjáratot nyit a Föld két pontja között) közlekedve lecsapnak. Az autobotokat Optimus, az álcákat Megatron vezeti, akárcsak a G1 univerzumban. Starscream (Üstökös) és Soundwave (Fülelő) is hasonló szerepet töltenek be, mint a G1-ben: Üstökös az állandóan lázadó másodhegedűs Megatron mellett, Soundwave pedig Megatron valódi, hűséges jobbkeze és „spiclije”, aki a háttérben tevékenykedik (a filmsorozatban soha nem szólal meg). Látható még Laserbeak (Lézercsőr), a drón, aki Soundwave mellvértjévé alakul.

Újdonság a „reguláris álcasereg” jelenléte (a filmhez kiadott játéksorozatokban nevük: vehikonok), ezek meg nem nevezett és egyforma kinézetű harcosok és dolgozók, akik az ágyútöltelék szerepét töltik be (autó és repülőgép alakjuk is van). A sorozatban viszonylag kevés álca-egyéniség van, az eddig említetteken kívül, akik önálló külsővel és névvel rendszeresen szerepet kapnak: Airachnid (Nyolclábú), a dezertőr póknő, Breakdown (Vibrátor), az álcák verőlegénye, Knockout (Kiütő), az orvosuk és Breakdown barátja, valamint Dreadwing (Félszárny), aki Megatron alparancsnoka lesz Üstökös helyett (egyben Skyquake testvére). Szerepel, de hamar kiesik (meghal) a Skyquake (Égrengés) és egy Makeshift (Pótkerék) nevű álca is. És egy visszaemlékezés erejéig tanúi lehetünk Arcee volt társának, Tailgate-nek (Csapóhídnak) a halálának. A második évadban feltűnik egy herkulesbogárrá alakuló álcarovar (inszektikon), Hardshell (Szilánk), akinek - hasonlóan a G1 animációs sorozatban - egy klónokból álló hadserege van. A második évadban új, állandó tagként csatlakozik Optimus csapatához, a vehemens természetű volt Elit Gárdás Autobot Smokescreen (Füstfelhő), és egy teljes epizódban látható az Álcák szadista tudósa Shockwave (Sokkoló) is. Említés szintjén szerepelnek Bulkhead és Wheeljack volt Wrecker (Roncsoló) társai: Impactor, Rotorstorm (Rotorvihar), Roadbuster (Útszaggató), Pyro (Píró), Seaspray (Tajték), és az Álca Constructicon-ok .